IGVの使い方について少し。 pythonのigv Jupyter Extensionを使えばどうやらpythonでも使えるらしいけど、リファレンスゲノムが多分サーバー上にあるやつしか使えないんじゃないかな。ということでサーバー上にない生物種を使うために結局アプリをインストー…

その1が長くなったのでその２です。 ～NGS処理ツール～ まずはおなじみSAM・BAMファイルからの抽出をpythonでもやってしまおうというもの。できるんですね。Linuxでやると調べるのに苦労するからpythonで実装してくれていてとてもありがたい。ちなみにこいつ…

もう完全にpythonのことしか書いてない・・・（笑） getattrで苦戦したので書き残しておく。 問題のコードは下。recordはオブジェクト。 for u in dir (record): if u[0] != '__' : print(u,getattr(record,u)) これが意味わからんかった。record内の属性をd…

日記風に書いていたが、BioPythonの難易度がpython初心者にとって高いので、これはまとめ用の記事。備忘録。じぶんのレベルが上がるにつれて適宜更新していきます。 ちなみに参考した本はオーム社の「Pythonによるバイオデータ・解析入門」山内長承著である…

さすがに入れなきゃなあということでubuntu使ってLinux環境にしました。早速samtools入れようと思ったが、unable to locate packageてでてきて、apt アップデートすればいんじゃねと思ったら次はaptのアップデートもファイルがロックされてますやらなんとや…