自分で機械学習させることもないのでしばらくPythonは趣味にとどめておくことにする。ただ機械学習自体は、さらに深層学習自体は何らかに使いたいという願望はあるので、継続はする。 バイオ系でPython使えるイメージがまだまだないので、今後新しいツールが…

次にマッピングしたデータを処理する。 参照配列の塩基にどれだけのリードがあったかを集計・整理する。リードを集計・整理できたら（リードカウント数として確認出来たら）そのカウント数をTPMなどで補正してそれぞれの出現量とする。 さらに出現量の違いを…

はい、とうとうubuntuでAnaconda3を入れました。 別にubuntuではAnacondaの縮小バージョンminicondaでいいかな、と思ってたけど、minicondaからだとどうもpythonがバージョン2しか稼働しないぽく。。。 するとpython3以降からのみ対応しているパッケージが全…

これまでjupyternotebook便利すぎてwindows環境にこだわってたけど明らかにLinuxのが使いやすいしwindows対応してないパッケージ多すぎるしで結局RNAの発現解析調べるのはubuntuでやることにした。 BashもLinuxのが整ってるし。 まずBiocondaをインストール…

numpyのnp.r_とnp.c_が便利そうだったのでまとめます。 下の記事の内容まんまです。 多次元配列の結合を行うオブジェクトnp.c_とnp.r_の使い方 - DeepAge 配列を結合したい際、次元数が違う時がある。そこでnp.r_を使えばちがう次元でも結合可能。 数値の文…

Graphvizを使うのに手間取ったので覚え書き。 決定木を書こうと思い、pydotplusを使いデータの読み込み、pydotplus内のgraphvizでデータの書き出しをしようとしたがここでエラー。 graphに決定木の学習データclfを入れてgraph.write_png('DecisionTree.png')…