IGVの使い方
IGVの使い方について少し。
pythonのigv Jupyter Extensionを使えばどうやらpythonでも使えるらしいけど、リファレンスゲノムが多分サーバー上にあるやつしか使えないんじゃないかな。ということでサーバー上にない生物種を使うために結局アプリをインストール。
ちなみにigvでbamファイルを扱うためにはインデックス化してbam.baiの形にすることが必要です。
ここからはアプリでリファレンスゲノムを設定するための覚え書き。以下のサイト参照。リファレンスゲノムの読み込み | IGV ゲノムブラウザ (biopapyrus.jp)
要はリファレンスゲノムのFastaファイルを用意し、Genomeの欄からCreate.fileを選択してリファレンスゲノムをインポートすれば用意すればいいらしい。
OptionでGFFファイルを打ち込めるらしいが、必須ではないだろう。これは遺伝子名を入れたいときに必要なのか。