生命系学生のゲノム解析覚え書き

大抵インフォ、時々バイオ、稀にアグリな日記

Linux環境はじめました

さすがに入れなきゃなあということでubuntu使ってLinux環境にしました。早速samtools入れようと思ったが、unable to locate packageてでてきて、apt アップデートすればいんじゃねと思ったら次はaptのアップデートもファイルがロックされてますやらなんとやらでできず。。。

調べたらとりあえず再起動してみ、とのことだったのでubuntu再起動してリトライ。aptのアップデートはできた、が、相変わらずsamtoolsのアップデートできず。そういやapt-getのアップデートはしてなかったなと(aptの中にapt-get入ってるぽい?)と思いこのアップデートしたらドンピシャ。無事samtools入りましたとさ。

またubuntuの実行ディレクトリが不明だったが、これもファイル欄にwsl$と検索すると発見できたのですかさずデスクトップにリンクコピー。先生にbioinfoのファイル作ってもらったのでこんどからはデータ全部そこに入れよう。これでLinuxの環境構築は一通り終わりかな。いやはや、こういうの、環境構築でひと悶着かならずあるよねええ。。。

RNAseqのもとデータはもらったから後はpythonBashを極める()だけ。極めるつてもようやくクラスの作り方とか、もやもやしてたものを解決できたレベル。これ自分でコードかける日は来るのか。。。明日は例の論文にも目を通さんと。