WindowsからGraphviz利用 - 生命系学生のゲノム解析覚え書き

Graphvizを使うのに手間取ったので覚え書き。

決定木を書こうと思い、pydotplusを使いデータの読み込み、pydotplus内のgraphvizでデータの書き出しをしようとしたがここでエラー。

graphに決定木の学習データclfを入れてgraph.write_png('DecisionTree.png')でグラフを書こうと思ったがエラーが。

pydotplus.gaphviz.InvocationExceptionと表示され、pngファイルを認識できません、Use one of : でそのまま何も出ず。

graphvizはpip install graphvizでインストール済み。

これはgraphvizがただインストールしただけじゃダメな奴かな、と色々調べたところどうやらWindowsではコンパイラに何か問題があるぽい。やっぱMacほしいなあ。。。

しょうがないのでpip uninstall graphvizでgraphvizをuninstallしてgraphvizの公式サイトから直接ダウンロード。zipファイルを解凍してPathを通してリトライ。

コマンドプロンプトで dot -vと打ち込んでバージョン情報が出てくればgraphvizがインストールされている状態。無事バージョン情報が出てきたので、よっしゃこれでいけるわ！と思い再びpngファイルを書き出してみる。

エラー。

また同じエラー。嘘じゃん。

エラー内容にdot -cを入れてみたらどうですか、とあったのでコマンドプロンプトに戻りdot -cを入れる。

これが入らん。問題はdot -cが無事実行されれば解決されるだろうと思い、公式サイトのWindowsのインストール方法に飛ぶ。

このサイトを読んでみると「管理者として実行せよ」との文字が。なるほど。コマンドプロンプトを管理者として実行してもう一度dot -cを打ち込んでみる。

Trueが返ってきた。どうやら管理者からしかアクセスできないようになっているらしい。

これでいけるやろと思いもう一度pythonからpngファイルの書き出し。ドンピシャ。無事決定木の画像データが表示された。

Graphvizは系統樹作成にも使えるから、graphvizをインストールできたのはでかい。

ちなみにdot言語を学ぶときは下のウェブサイトを参考にしよう