アグリな凡人が奮闘する話

大抵インフォ、時々バイオ、稀にアグリな日記。

ubuntuでAnaconda3を入れた話

はい、とうとうubuntuでAnaconda3を入れました。

別にubuntuではAnacondaの縮小バージョンminicondaでいいかな、と思ってたけど、minicondaからだとどうもpythonがバージョン2しか稼働しないぽく。。。

するとpython3以降からのみ対応しているパッケージが全部minicondaによって邪魔されてインストールできないor稼働しない。。。

新しいバージョンのminicondaをインストールする手もあったんだろうけど、linux置いてるところからjupyternotebook使えるのも便利だし、そこもう統一しようかということで入れちゃいました。

割と四苦八苦したので書いておく。

まずネットに公式サイトからLinux用のAnacondaをインストールしてくださいって書いてたんだけど、そのままインストールするだけじゃ多分無理。

ubuntuの置いてあるファイルがWIndowsの環境から独立しているので、インストールしたところでubuntuのとこまで正常に持っていけない。

なのでubuntuのコマンドから

wget (ダウンロードのurl)

でダウンロードするのが無難。

無事ダウンロードできたら

bash Anaconda3-2020.11-Linux-x86_64.sh

でダウンロードしたAnacondaファイルを開く。このときの2020.11は今後Anacondaのバージョンアップに伴い変化するので、そこは適宜変更する。

ファイルを開いたらあとはubuntuの画面に出てくる通りにエンターとかyesとか押してけばインストールは完了。

でも大体はここでパスが通ってない。

Thank you for installing

みたいな文字が出て打ち込み画面が現れたら

conda -V

でcondaにパス通っているか確認。パス通ってなかったらエラーが出てくる。

なのでubuntuのユーザーディレクトリにある.bashrcのファイルを開いて自分で直接パスを書き込む。ubuntuなので直接書かなきゃいけないのがめんどくさいね。WIndowsなら環境変数でいけるのに。ちなみに.bashcとかそういうファイルを開くためにAtomをインストールしとくとよい。このアプリ見やすくてお勧め。

.bashrcの最後の行にexport PATH=~/anaconda3/bin:$PATH

と打ち込んでsaveしたらubuntu に戻って

source ~/.bashrc

と入力してbashrcファイルを読み込んで終了。

これでパスも通ったので

conda -V

と打てばバージョン情報が出てくるはず。

あとubuntuからjupyter notebookも使えて、

jupyter notebook --no-browser

と打てばリンクを返してくれるからそれをweb検索エンジンに打ち込めばhomeディレクトリ内のフォルダが既に入ってる状態のjupyternotebookを返してくれる。優秀。

 

anacondaが無事入ったのですかさずpip install biopython、pip install bcbio-gff、conda install hisat2でインストール。無事入りましたとさ。

 

 

こういうもので壁にぶち当たったり沼にハマったときのひとつの解決策として、確かにそのエラーなりの解決策を考えるのも重要だけど、そんなに時間もないわけで。

もう沼から抜け出せねえ、てなったらいっそそのパッケージなりごと消してもう一回インストールしなおす、というのも重要かもしれん。根本からぶっ壊す、みたいな。